Всё началось в  26 апреля 1986 года, когда произошёл первый взрыв на чернобыльской атомной электростанции. Позже его назовут нулевым взрывом. Тогда заражённую зону закрыли и строго охраняли. Судя по слухам в глубине закрытой территории ещё оставались люди, учёные, которые проводили там какие-то опыты. Всё было спокойно.

Ровно до тех пор пока не грянул второй выброс в 2006 году, который по масштабам превзошёл первый. Из центра зона вырвались множества различных мутантов, а по всей заражённой территории появились аномальные образования.

Все государства вместе возвели вокруг зоны возвели охраняемый периметр. Доступ за периметр гражданским лицам запрещён.

Лица, нарушившие запрет, задерживаются, а при оказании вооружённого сопротивления — уничтожаются. Однако это не помешало освоению Зоны искателями приключений, отчаявшимися людьми, дезертирами, криминальными личностями и так далее. Они называют себя сталкерами. Основная их деятельность — добыча ценных аномальных образований — артефактов — для продажи местным торговцам, после чего «хабар» уходит за Периметр.

2007-2008 годы

Зона продолжает расти. Причина катастрофы ещё не установлена. Жертв трагедии всё больше. Редкие научные экспедиции заканчиваются неудачами. Становится известно о фантастических аномальных образованиях и мутировавших видах живых существ, обладающих удивительными способностями.

2009 год

На территории Зоны по разным оценкам присутствуют от одной до трёх сотен «неучтённых лиц», называющих себя «сталкерами». Они занимаются поиском так называемых артефактов — аномальных образований с определёнными свойствами, имеющих высокую цену. Многие сталкеры начинают объединяться в группы, создавая основу для крупных сталкерских кланов.

2010 год

Вслед за сталкерами-одиночками за исследование Зоны принимаются учёные. Организуются экспедиции, появляются мобильные лаборатории внутри Периметра. Несмотря на военный контроль, сталкерство принимает всё больший размах. Центр Зоны всё ещё остаётся недостижимой целью, путь закрывает «Выжигатель мозгов» — неизвестное пока явление, действие которого концентрируется в районе леса к северу от «Армейских складов». Попадая в поле действия «выжигателя» человек теряет рассудок, превращаясь в зомби, либо умирает. Позже выясняется, что «Выжигатель» — экспериментальная модель «излучателя Кайманова», который члены «О-сознания» переоборудовали в систему защиты от проникновения в центр Зоны. Известный путь туда охраняют военные, сдерживая волны мутантов. Этот последний рубеж получил название Барьер. Однако каждый сталкер мечтает беспрепятственно пройти за него, ходят слухи о нетронутых территориях — «Клондайке» артефактов, появляются легенды об Исполнителе желаний — кристалле внеземного происхождения, находящегося на ЧАЭС и якобы ставшего причиной образования Зоны.

2011 год

Доступная часть Зоны исследована почти полностью. Сталкерство достигло своего пика, окончательно сформировались сталкерские группировки. Самые крупные из них — «Долг», сформировавшийся из бывших военных и добровольцев, «Свобода», состоявшая из сталкеров-анархистов, — начинают противоборство за влияние в Зоне. Свои интересы проявляют и военные, охраняющие периметр, бандиты, зарабатывающие на ограблениях сталкеров, а также иностранные государства в лице наёмников. На «Свалке» в кучах радиоактивного мусора сталкеры стали находить много полезного оборудования, формируются группы диггеров. Через местных торговцев осуществляется сбыт артефактов и поставки оружия.

Война группировок

В конце августа группа сталкеров во главе со Стрелком проникает к блокам ЧАЭС. Реакцией на вторжение явился сверхвыброс, послуживший «спусковым крючком» для начала войны группировок. Он изменил облик Зоны: обширные аномальные поля закрыли доступ на некоторые территории, заперев находящихся там людей, другие, ранее неизвестные, наоборот, открылись. Одним из таких мест стал покинутый город Лиманск, за который сразу начали бороться «Долг» и «Свобода». Примерно в это же время бандиты-ренегаты захватывают мост, ведущий в Лиманск, блокируя единственный путь. Город на время становится недоступен. Группировка «Долг» на своей базе в НИИ «Агропром» подверглась атаке мутантов из подземелий и перестала уделять внимание усилению бандитов. В Тёмной долине группировка «Свобода» также стала объектом нападений, на её членов охотились наёмники.

Воспользовавшись проблемами «Долга», бандиты прочно обосновались на Свалке — своеобразном перекрестке дорог, и пожелали свою долю в промысле диггеров. Вытесненные со Свалки одиночки стали концентрироваться на Кордоне, где держался нейтралитет с военными, пока их командир не решил заключить сделку с паханами бандитов. В результате одиночки вступили в конфликт и с ними, взяв командира в плен.

Для предотвращения попыток проникновения «О-Сознание» вербует путём зомбирования группировку «Монолит», которая незадолго до сверхвыброса прорвалась в центр Зоны. Члены группировки выступали за неприкосновенность Зоны и верили в божественную сущность Исполнителя желаний — Монолита, а после зомбирования стали агрессивно настроены ко всем остальным сталкерам.

Во время сверхвыброса военные на складах понесли большие потери, а через некоторое время со стороны Выжигателя стали приходить агрессивно настроенные отряды группировки «Монолит», что ещё больше осложнило защиту Барьера. Оставшиеся военные были вынуждены отступить на базу, а защитой Барьера занялись сталкеры. Почти сразу армейской базой заинтересовалась «Свобода», захотевшая иметь стратегически важное положение, близкое к центру Зоны, и, несмотря на проблемы, направила туда свои отряды. Таким образом, силы группировки оказались разрозненными.

2012 год

Зона пришла в относительное спокойствие, война группировок закончилась, множество сталкеров погибло после очередного катаклизма. Группировка «Долг» оставила свои позиции на Агропроме и закрепилась на заводе «Росток», где стал руководить генерал Воронин. Под охраной группировки сталкеры могли спокойно отдохнуть и купить снаряжения в местном баре «100 Рентген». Это место стало крупным центром сталкерства. Бывшую базу «Долга» в НИИ вскоре заняли высадившиеся в поисках важных документов военные. Они давно готовились к крупномасштабной операции по прорыву к центру Зоны и уничтожению причин её возникновения. Их поиски приносят результат: появляются сведения о секретных лабораториях.

Группировка «Свобода» покинула базу в Тёмной долине и перебралась на Армейские склады. Чехов, лидер и основатель группировки, погиб при переходе через деревню кровососов, и его место занял Лукаш. Группировка легко закрепилась на новом месте и взяла на себя защиту Барьера. Главным её врагом продолжал быть «Долг». Конфликты между этими фракциями периодически возобновлялись, затем наступало шаткое перемирие. Однако в обеих группировках присутствуют люди, не желающие мирно сосуществовать со вчерашними врагами. Отряд фанатично настроенных долговцев во главе с полковником Черепановым, ослушавшись генерала Воронина, выдвинулся к Складам.

У бандитов также появился новый главарь. Им стал бывший бармен группировки — Боров, подсидевший Йогу. Вместе со своей бандой он обосновался на бывшей базе «Свободы» в Тёмной долине. Однако единой организованной структуры у бандитов не существовало, большинство из них собирались в мелкие банды, больше напоминающих уничтоженных «Ренегатов». Боясь патрулей «Долга», они оставались вблизи Периметра, доставляя много хлопот простым сталкерам.

Отключение Выжигателя

Весной, во время ночной грозы, на Кордоне разбивается Грузовик смерти, единственным выжившим оказывается Стрелок. Его относят к местному торговцу Сидоровичу, и тот ему помогает прийти в себя, а так как Стрелок ничего не помнит, Сидорович называет его Меченым из-за татуировки на руке. За спасение и дальнейшую помощь в поисках Стрелка торговец требует платы, и после пары мелких заданий раскрывает свои планы: он и другие торговцы мечтают открыть путь к залежам артефактов в центре Зоны. Сидорович явно знает о намерениях военных, его разведчики докладывают о документах в НИИ «Агропром». Меченый по просьбе торговца добывает документы, в которых говорится о лаборатории X-18. Бармен, хозяин бара «100 Рентген» и крупный торговец, предполагает, что она находится в Тёмной долине. Сталкеры давно рассказывали о неких подземных сооружениях на заброшенном заводе и о творящихся там ужасах. Меченый проникает в лабораторию и из документов узнаёт, что Выжигатель — устройство, созданное людьми. Из тех же документов становится известно про лабораторию X-16 в районе Янтарного озера, в которой находится установка, напоминающая по свойствам Выжигатель. Меченый отправляется к учёным, расположившимся в мобильной лаборатории на месте высохшего озера. От них он узнаёт о гибели Призрака в лаборатории X-16, а также получает экспериментальную защиту от пси-излучения. С её помощью он смог проникнуть в X-16 и отключить экспериментальный излучатель в ней. Затем, отнеся добытые в X-16 документы Бармену, получает от него задание отключить Выжигатель в лаборатории Х-10. С боями, прорвавшись сквозь ряды охраняющих его монолитовцев в кишащий кровососами бункер под антеннами Выжигателя, Меченый смог вывести его из строя. Проход к центру Зоны оказался открыт.

Прорыв в центр

Моментально множество сталкеров двинулось к ЧАЭС, «Долг» и «Свобода» начали новое противостояние за новые территории. Однако, всем им, по мере продвижения, пришлось преодолевать сопротивление бойцов «Монолита». На бывшие закрытые территории высадился военный спецназ. Очень скоро фанатики были оттеснены к Припяти. Группы сталкеров-ветеранов и военные сталкеры, независимо друг от друга начинают штурм города. Вооружённые силы приступают к операции «Монолит», бронетехника и десант при поддержке с воздуха должна была закрепиться у блоков электростанции. Кроме отрядов «Монолита», военные столкнулись с чрезвычайно мощными аномалиями, а в ходе решающей стадии операции начинается выброс, в результате операция терпит неудачу. В то же время Стрелок, уже узнавший правду о себе, сумел проникнуть под саркофаг станции, где находился иллюзорный Исполнитель желаний — Монолит. Сталкер вызывает сбой в работе установки, чем привлекает внимание «О-Сознания». Один из его представителей, в виде голограммы, разговаривает со Стрелком, рассказывает о причинах возникновения Зоны, предлагает присоединиться к ним, чтобы помочь сдержать поток энергии ноосферы и взять Зону под контроль. Стрелок отказывается и после затяжного боя с монолитовцами уничтожает проект «О-Сознание».

С отключением крупных пси-установок, силы группировки «Монолит » ослабли, её члены начали выходить из-под контроля, самостоятельно мыслить. Однако ближе к станции сохранялись локальные антенны, и фанатики всё ещё удерживали территории. Припять практически опустела, место людей заняли мутанты. Отряды сталкеров, хлынувшие к центру, сталкивались с новыми, более опасными их видами. Перед постоянными угрозами и малым количеством безопасных мест, группировки поступились своими принципами и договорились не конфликтовать в местах отдыха. Подходящих мест за бывшим Выжигателем оказалось всего два. Первое организовали сталкеры в высохшем русле реки на сухогрузе «Скадовск». На нём установился шаткий мир между одиночками и бандитами. Вторым стало здание вокзала на ж/д станции «Янов», поделенное между группировками «Долг» и «Свобода» во время выброса. Помимо них недалеко от Янова находится новая мобильная лаборатория учёных. Новые территории довольно быстро стали объектом изучения и получения наживы. Почти сразу появляется очередная сталкерская легенда о неком месте, где заживают все раны, «легенда об Оазисе». Заинтересовались тайнами Зоны и многие западные государства. Над её территорией потерпел крушение беспилотный летательный аппарат, принятый многими за НЛО. Высокую активность проявили наёмники, заинтересовавшись работами учёных и секретными лабораториями в Припяти.

Операция «Фарватер»

После провала операции «Монолит», Министерство обороны Украины совместно со Службой безопасности Украины разрабатывает новый план, получивший название «Фарватер». Согласно ему, вертолёты по заранее проложенному пути должны доставить на ЧАЭС военный десант, предназначенный для установления контроля над центральными областями Зоны. Вертолётный отряд «Скат», состоящий из 5 машин, поднимается в воздух для разведки территорий у центра Зоны и берёт курс на ЧАЭС. Однако операция провалилась — ни одна из машин на базу не вернулась. Для их поиска и выяснения причин крушения, Служба Безопасности Украины направляет в Зону своего сотрудника, бывшего сталкера, майора Дегтярёва. Как выяснилось позднее, при составлении плана операции не был учтён факт появления новых воздушных аномалий после выброса. Оставшиеся в живых военные отправляются к точке эвакуации на востоке Припяти. Связь не была восстановлена, эвакуация оказалась невозможной, поэтому им пришлось организовать лагерь в здании бывшей прачечной. Через некоторое время военных находит Дегтярёв. Ему удаётся восстановить связь и связаться с командованием, попутно он находит множество документов, проливающих свет на многие загадки Зоны. Перед очередным выбросом на военных выходит Стрелок. Он рассказывает о причинах падений вертолётов и просит взять его с собой, так как хочет помочь правительству в борьбе с Зоной. Так как причина падений вертолётов выяснена, эвакуация становится возможной, и сразу после выброса отряд прорывается с боем через Припять к посадочной площадке. Прибывшие вертолёты забирают всех на Большую Землю, где Стрелок становится главным консультантом в НИИ Чернобыльской аномальной Зоны.